خسر سينا بطولته في مهرجان "نيو يير رفلوشن" New Year's Revolution ولكن ليس في مباراة مبنى الإقصاء Elimination Chamber ولكن تم إجباره على مباراة ضد إيدج لأنه استخدم حقيبة "موني إن ذ بانك" مباشرة بعد مبنى الإقصاء. بعد ثلاثة أسابيع عاد سينا ليفوز بالبطولة في مهرجان "رويل رمبل" وبعدها بدأ العداء مع تربل اتش وكان الجمهور بجانب تربل اتش كليًا، واجه سينا روب فان دام في One Night Stand القسم ECW وكان الجمهور ضد سينا كليًا فكانو يشتمونه ويقولون أنه لا يمكنه المصارعة خسر سينا المباراة والبطولة بتدخل من "إيدج".
في يوليو بعد أن فاز "إيدج" بالبطولة بعد مباراة ثلاثية ضد فان دام وسينا. فاز سينا بالنهاية بالبطولة في مباراة من نوع طاولات كراسي ودرج Tables, Ladders, and Chairs match(TLC) في مهرجان "أنفورقفن" Unforgiven. انتهت سنة 2006 ببدأ سينا عداءً مع المصارع الذي لم يهزم قط في ذلك الوقت أوماجا.
أنهى سينا مسيرة أوماجا الغير انهزامية في مهرجان New Year's Revolution عندما هزمه في مباراة من نوع آخر رجل واقف وحافظ على بطولته.
بعد ليلة واحدة من مهرجان "الرويل رمبل" قام الفريق المكون من سينا وشون مايكلز بهزيمة فريق "ريند آر كي أو" Rated-RKO المكون من إيدج وراندي اورتن للحصول على بطولة العالم للفرق World Tag Team Championship مما جعل سينا بطلًا مزدوجًا. في 2 أبريل انقلب مايكلز على سينا وكلفه بطولته في "رسل مينيا" الثالث والعشرون. ولنهاية الشهر تعادى سينا مع مايكلز، اورتن، وايدج حتى أعلن جريت كالي نواياه لتحدي سينا عندما أسقط المتحديين الثلاثة، فاز سينا على كالي في "ججنمت دي" Judjment Day وبهذا أصبح أول من يهزم كالي بواسطة الإخضاع. ومرة أخرى بتثبيت في مهرجان "ون نايت ستاند" One Night Stand، في وقت لاحق من ذلك الصيف تم إعلان اورتن انه المتنافس الأول للبطولة WWE فقام العداء بين البطل والمتنافس حتى "سمر سلام" حيث فاز سينا وحافظ على بطولته.
خلال مباراة مع مستر كندي Mr. Kennedy في 1 أكتوبر 2007 أصابت سينا إصابة تمزق في عضلة صدره عند محاولته تنفيذ حركة hip toss وكان الوقت المتوقع لإعادة تأهيل سينا من 7 أشهر إلى سنة، فتم إزالة البطولة من سينا وكان أطول بطل في تلك الـ 19 سنة.